Znany z XVIII i XIX-wiecznych rycin murowany budynek Ratusza powstał po 1351 r., w którym to roku pożarem został zniszczony pierwotny budynek ratusza. Ta pierwotna budowla powstała na przełomie XIII i XIV w. na podstawie zapisów w dokumencie lokacyjnym Nowego Miasta Torunia z 13 sierpnia 1264 r. jako dom kupiecki z pomieszczeniami dla rady miejskiej i sądu ławniczego, fundowana przez Krzyżaków; najprawdopodobniej była konstrukcji szachulcowej na murowanych piwnicach. W przeciwieństwie do Ratusza Staromiejskiego ten był w posiadaniu Krzyżaków, którzy pobierali od mieszczan opłaty za użytkowanie (od 1384 r. wielki mistrz Konrad Zölner zastrzegł czynsz tylko od urządzeń handlowych). Dom kupiecki mieścił w sobie przede wszystkim sukiennice (Nowe Miasto Toruń stało się dużym ośrodkiem produkcji sukna, tzw. szarego sukna toruńskiego (>>>), w przeciwieństwie do Starego Miasta Torunia, którego bogaci kupcy sprowadzali sukno flandryjskie, posiadającego własne sukiennice) oraz jatki rzeźnickie.

 

Ostateczną swoją architekturą i formą ratusz ten nie odbiegał od przeciętnego typu ratuszy tego okresu. W każdym razie daleko mu było do rozmachu i splendoru Ratusza Staromiejskiego. 

Była to podłużna, dwukondygnacyjna budowla z dwuspadowym dachem kryjącym 2-poziomowe poddasze; równolegle z nią stała druga, znacznie mniejsza, mieszcząca ławy chlebowe.

Ok. 1370 r. do głównego budynku ratuszowego dobudowano od wschodu równoległy budynek sukiennic. Wydzielono tu kilkanaście kramów, do których prowadziły osobne wejścia. Jednak w wyniku pożaru, jaki wybuchł w 1455 r. sukiennice uległy spaleniu; po tym zniszczeniu nie zostały już odbudowane. 

Wszystkie trzy równoległe wzajemnie budowle ratuszowe połączone były od północy i południa ścianami parawanowymi z krenelażem i bramą, tworząc pomiędzy sobą zamknięte podwórza; z obu stron budynek główny ograniczony był okazałymi schodkowymi szczytami, z których jeden (północno-zachodni) wieńczyła niewielka wieża. W 1568 r. przekształcono architekturę wieży (znajdującej się od północy) do formy renesansowej, umieszczono hełm i zawieszono dzwon. Ta realizacja to najwczewśniejsza forma architektury renesansu w Toruniu.

 

Na piętrze budynku Ratusza mieściła się sala posiedzeń Rady Miejskiej, sala sądu ławniczego oraz pomieszczenia kancelarii i kamlarii, a na parterze długa hala handlowa.

W skład budynków Ratusza wchodziła też waga i ławy szewskie.

Na 2-poziomowym poddaszu przechowywano m.in. broń miejską (zbroje, działa, proch, kusze), w piwnicach skłądy, areszt i wyszynki piwa.